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技術專欄

生物數據分析

基因芯片數據量已經超過客戶分析范圍,均需要借助一些專業軟件來進行統計分析。如何能夠挖掘最大數據量?獲得更優質的數據分析結果呢?我們建立專題來進行討論。

生物數據分析相關軟件大全

測序??峰圖轉化  Phred/Phd2Fasta ;載體屏蔽  cross_match 36;序列聚類拼接;引物設計 Primer3

序列的比對

全局比對 ??Clustalw ;MUSCLE ;HMMER

局部比對 ??Blast ;blat ;blastz ;GeneWise ;Fasta ;Exonerate ;Sim4

重復序列分析??RepeatMasker;Trf ;LTR_STRUC

RNA ??Glimmer ;GlimmerM ; Genscan ;TwinScan ; BGF ;Fgenesh ; InterproScan ; WEGO

SNP分析 ??Polyphred ;SNPdetector ;cross_match

進化分析專題??Phylip ;Paml ;KaKs_Calculator ; FGF ;mega

基因表達分析專題 ??EST(Expressed  Sequence  Tag)表達序列標簽分析; EST分析流程;EST  Pipeline(BEP)

生物芯片(Microarray)分析??Motif預測 ;MEME/MAST系統; MDScan

蛋白質結構預測??Threading方法

 

生物學相關網址

功能基因組分析

Transcription profiling  technologies??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html

Protocols for cDNA array technology  ??http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html

Data management and analysis of gene expression arrays??http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML

GeneFiltersTM(Research Genetics)??http://www.resgen.com

Gene Discovery Arrays (Genome Systems)??http://www.genomesystems.com

AtlasTM Arrays (CLONTECH)??http://www.clontech.com 

BioEdit ??http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

Primer3(PCR引物設計??http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi

Putative DNA Sequencing Errors Check??http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/

多種數據庫、分析工具和生物信息學機構??http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools

多種數據庫和分析工具??http://www.ebi.ac.uk/Tools/

Comparative sequence analysis??http://www.bork.embl-heidelberg.de/ 

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